根据同安区司法局职责，共有内设机构3个。

（一）综合科

负责局机关重大政务活动协调实施和检查落实。审核研究拟订全区司法行政工作发展战略和中长期规划、年度计划。负责综合性文件、报告的起草。负责信息、文秘、信访、统计、保密、文印及文书档案管理工作。负责全区司法行政法制建设的课题调研。负责管理局机关行政事务。协助局领导抓好全区司法行政队伍建设、干部教育和思想政治工作。负责局机关及直属单位的机构编制人事管理工作。管理和服务局机关及直属单位离退休干部工作。

（二）法制宣传科

负责全区的法制宣传工作，制订全区普法规划并组织实施。组织培训各行业、各单位法制宣传骨干。参与组织指导协调督促全区依法治理工作，具体承办区依法治区领导小组办公室日常工作。指导开展专业法宣传教育和学法、用法活动。组织和指导法学理论及涉台有关法规的研究。

（三）基层工作科

指导、管理、监督各镇（街道）司法所建设、司法助理员和人民调解工作，管理区、镇“148”法律服务工作。组织、指导、协调全区刑满释放和解除劳教人员的安置帮教工作，具体承办区安置帮教办公室日常事务。参与社会治安综合治理。